Le musée est créé parallèlement à une école de dessin et de sculpture en 1834. Au premier noyau d’œuvres réuni par le peintre Etienne Bouhot (1780-1862) viennent s'ajouter des objets antiques, médiévaux ou modernes, assemblés par la Société des sciences historiques et naturelles de Semur-en-Auxois.
— Atout
Collections diversifiées : - galerie de paléontologie et géologie avec une série de quelques 12.000 échantillons de minéraux et fossiles (ammonites, empreintes de poissons...) provenant de la région- StratoType du Sinémurien ; - salle de zoologie proposant une vision de la faune locale (mollusques, reptiles, oiseaux et mammifères) ; - séries paléolithiques et néolithiques évoquant les cultures préhistoriques de la région ; - époque gallo-romaine et fouilles de la villa de Bierre-les-Semur. Ex-votos. - sculptures des XIIIe et XIVe siècles, du XIXe siècle. Bel ensemble de peintures du XIXe siècle selon plusieurs genres : têtes d'expression, paysages, scènes historiques, académies et portraits.