Inauguré en janvier 1989, ce musée succède au premier musée de site créé en 1960 dans la villa des Arènes (actuel musée Matisse). Les collections anciennes du MAN (musée Archéologique de Nice) sont étroitement liées à l'histoire du quartier de Cimiez où, au XIXe siècle, l'urbanisation a permis la découverte de nombreux vestiges archéologiques. Au moment de sa création, en 1960, le MAN s'est ainsi vu « doter » d'environ 1.200 objets archéologiques : certains provenant de Cimiez, d'autres ayant été achetés par des collectionneurs au cours du XIXe siècle. Tous ces objets étaient alors conservés au musée des Beaux-Arts et/ou au musée Masséna. Les collections concernent la vie de Cemenelum et de la province des Alpes Maritimae, à travers les nombreux objets et documents officiels ou privés découverts lors des fouilles archéologiques de 1950 à 1969 dans le site acquis par la municipalité niçoise, mais aussi au-delà. En effet, des objets de toute la région ainsi que ceux découverts dans l'épave de la Fourmigue C au large de Golfe-Juan sont présentés. Dons, legs ou collections achetées par la ville de Nice dès 1880, ont enrichi les collections qui concernent les âges des métaux, l'Antiquité et se développent jusqu'au haut moyen âge.
— Atout
Le site comprend sur près de deux hectares trois ensembles thermaux, des rues, et un quartier d'habitation avec ses boutiques. Après un abandon, un ensemble paléochrétien, avec cathédrale et baptistère est une manifestation de vie urbaine à partir du Ve siècle. Les objets retracent l'histoire de la naissance du musée de Cimiez et évoquent dans le parcours muséal, les grandes civilisations méditerranéennes antiques qui ont précédé la conquête romaine de la Gaule.
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