Le musée présente des collections archéologiques provenant du territoire de Fréjus. La muséographie s'articule autour des thèmes propres à la ville antique de Forum Julii : les ateliers de potiers et la production de céramiques, l'habitat à travers l'évocation de la maison romaine de la place Formigé ; enfin, le monde des morts est illustré par deux nécropoles mises au jour lors de fouilles entre 1983 et 1987. Une salle est consacrée au lapidaire dont la pièce principale est l'Hermès bicéphale devenu le symbole de la ville de Fréjus. Dans cette pièce se trouve également la mosaïque polychrome dite de la panthère. La salle d'accueil présente une maquette de la ville antique et la diffusion d'un film avec des reconstitutions en 3D des principaux monuments de Forum Julii.
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