Les collections ont pour plus anciens spécimens des objets résultant de saisies révolutionnaires. Ce noyau est largement augmenté au XIXe et au début du XXe siècles par la société savante locale, la Société des Sciences Historiques et Naturelles de l'Yonne, qui collecte pour le musée départemental (beaux-arts, archéologie et sciences naturelles). La section Sciences naturelles acquiert son autonomie en 1979 et est transférée dans le site actuel, maison bourgeoise du XIXe siècle entourée d'un parc, en 1980. Depuis cette date, le Muséum d'Auxerre poursuit l'étude et l'enrichissement des collections afin de documenter et d'exposer la biodiversité locale, passée et présente. La collection est actuellement estimée à 160.000 spécimens, et notamment Le Muséum 93 spécimens scientifiques de référence, principalement des poissons et crustacés fossiles.
— Atout
Patrimoine scientifique rassemblé depuis le XVIIIe siècle. Paléontologie locale (93 types et figurés, principalement d'invertébrés). Herbiers : herbier médicinal du XVIIIe siècle de l'Hôtel-Dieu (actuelle Abbaye Saint-Germain), flore de l'Yonne (XIXe siècle). Collection de modèles botaniques en plâtre Vilmorin-Andrieux. Fonds Paul Bert : archives scientifiques, manuscrits, instruments. Importante collection ornithologique
— Adresse
5 boulevard Vauban
89000
Auxerre
Yonne
Bourgogne-Franche-Comté
— Artiste— Personnage phare
François-Xavier Laire («Père Laire», qui a géré les premières saisies révolutionnaires) ; Paul Bert ; Gustave Cotteau
— Intérêt
Maison bourgeoise du XIXe siècle, ayant appartenu à une famille industrielle importante dans l'histoire locale (famille Guilliet). Serre du XIXe siècle.
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