Les collections sont celles de Jean-Frédéric Oberlin, pasteur éclairé, pédagogue, encyclopédiste du XVIIIe siècle et défenseur des droits de l'Homme. Elles ne comportent pas de pièces majeures ou de chefs d’œuvre mais leur constitution fut conforme à une conception nouvelle des connaissances fondée sur des objectifs philanthropiques. Jean-François Oberlin avait en effet aménagé un cabinet de curiosités ouvert aux visiteurs de passage au Ban-de-la-Roche. Après la mort de ce dernier, le cabinet est resté accessible au public. Les successeurs de J.-F. Oberlin ont continué à enrichir les collections mais le mot « musée » n'a été adopté qu'en 1958, après la constitution du premier comité de surveillance des collections du musée Oberlin, ancêtre de l'actuelle association du musée Oberlin.
— Atout
Un musée où les enfants et les adultes découvrent, expérimentent, manipulent et jouent. Un musée qui invite à la discussion et à la réflexion sur les thèmes du développement et de l'environnement. Un musée qui associe respect des Droits de l'Homme et développement de la personne. Le musée Jean-Frédéric Oberlin a fait l'objet d'un programme de développement pour devenir un véritable lieu d'apprentissage où la pédagogie de J.F. Oberlin est mise en oeuvre. Il ne s'agit pas de regarder de manière passive un objet, une image, un cartel, mais de percevoir, d'écouter, de lire, de construire, d'expérimenter, de manipuler, de raisonner, de ressentir et enfin de comprendre la divine complexité du monde du pasteur de Waldersbach.